Información básica de Jerarquía de carpetas y archivos en Linux

bin: 
Aquí se encuentran archivos esenciales y ejecutables del sistema.

boot: 
Archivos imprescindibles para el arranque del sistema.
El núcleo de Linux, GRUB.

dev: 
Archivos virtualizados de dispositivos como Discos, Tarjetas, Teclado etc.
Este sistema trabaja como si fuese una carpeta cualquiera, facilita
enormemente el flujo de información entre dispositivos y programas.

etc: 
Archivos de configuración del sistema y carpetas de los programas instalados.
Contiene archivos de texto plano fácilmente modificables. Aquí también se
encuentra los subdirectorios rc e init.d donde están los scripts de los
servicios y programas que cargan en el arranque.

home: 
Aquí se guardan todos los directorios personales de los Usuarios (no root) que se encuentren en el sistema. Donde se guarda las diferentes configuraciones y archivos de cada uno.

lib: 
Bibliotecas y módulos de núcleos. Su uso es compartido por el resto de las aplicaciones, evitándose así la duplicación de una misma biblioteca.

lostr+found: 
Guarda toda la información recuperada en caso de un cierre accidental del sistema.

media: 
Montaje de discos Duros, memorias USB, lectores de CD/DvD etc.
Los montajes se hacen en un directorio propio para cada dispositivo.

mnt: 
Sirve también para el montaje de unidades pero este de forma esporádica como por ejemplo Discos o memorias USB compartidas.

opt: 
Se usa para la instalación de programas que no tienes paquetes de distribución.

proc: 
Aquí se encuentra el sistema de archivos virtual, con todos los datos del sistema de archivos y los dispositivos. Son archivos de solo lectura. Podemos encontrar por ejemplo el archivo Swaps, divice, cpuinfo, mounts etc.

root: 
Directorio personal del superusuario.

sbin: 
Igual que la carpeta bin, contiene archivos ejecutables pero de uso administrativo y solo accesible para usuario root.

srv: 
Almacena datos internos de servicios como HTTP o FTP para que puedan estar al servicio de todos los usuarios.

sys: 
Información interna del sistema operativo relacionada con los dispositivo.

tmp:  
Carpeta temporal que utiliza algunas aplicaciones como directorio auxiliar, como por ejemplo Firefox. Todo el contenido el  de esta carpeta es eliminado en cada arranque.

usr:  
Contiene todos los fichero de la mayoría  de los programas instalados pero que no son necesarios para el funcionamiento básico del sistema. Son programas instalados mediante paquetes DEB o de compilaciones. Dentro de su estructura se encuentran carpetas importantes como:
bin: Ejecutables de las aplicaciones del servicio gráfico y no esenciales para el sistema.
games: Ejecutables de los juegos.
ingluide: Ficheros de cabecera utilizados para las bibliotecas.
lib: Bibliotecas compartidas para los programas.
local: Con los mismo directorios que usr pero utilizado como destino de los programas copilados.
shre: Aquí encontramos los archivos compartidos por los programas, como son los iconos, imágenes y configuraciones etc.
src: Código fuente del núcleo instalado, código fuente de la tarjeta de vídeo instalada...

var: 
Archivos cuyo contenido se está modificando continuamente.
Contiene directorios importantes como:
cache: Copia de archivos necesarios para algunos programas.
lib: A diferencia de otros directorios con el mismo nombre, no almacena bibliotecas, sino archivos con el estado de los programas.
lock: Archivos de bloqueo para evitar la doble ejecución de programas.
log: Archivos de registro del sistema operativo, servicios y programas.
mail: Correos electrónico de los distintos usuarios y mensajes enviados y recibidos con los comandos de texto.
run: Identificadores de los servicio.
spool: Cola de datos donde se almacenan los archivos hasta que un programa los inicie.


Fuente PCLINUX