El "peligro" de los repositorios

Sin lugar a dudas unos de los mayores logros en lo que a software se refiere y a mantenimiento del sistema, ha sido y seguirá siendo (mientras no se idee algo mejor) los Repositorios. Es la forma más fácil y a la vez segura que se pueda dar en cualquier sistema o Software actualizable para tenerlo siempre a la última.
Si hay algún Dios en este sentido y en estas fuentes (PPA), sin lugar a dudas es Ubuntu.
Ubuntu ha sido quien a llevado este sistema a su máxima expresión. Por esto no es de extrañar que sea él, sin lugar a dudas el rey con diferencia de los repositorios.  Lo ha sido en muchas otras cosas, pero sobre todo en esto  a marcado mucha diferencia. Si no se encuentra una PPA en los repositorios de Ubuntu  raro sería encontrarlo en otro lugar.
Si tienes un sistema Linux lo mejor es utilizar los Repositorios para instalar y tener actualizo el sistema y el Software instalado. Es curioso la de usuarios (sobre todo antes) que prueban cualquier sistema de Linux y huyen rápidamente tras intentar instalar (compilar) cualquier programa, ignorando la existencia de los repositorios. Ahora por suerte hay mucha más información al respecto y la estampida es menor.

También debe quedar claro que la instalación de una aplicación desde los repositorios así como de los paquetes DEB y equivalentes no es comparable a la compilación de ésta. Siempre es mucho mejor y desde luego más estable para el sistema compilar las aplicaciones. Esto tiene un precio y que el copilar es sin duda mucho más trabajoso que instalar paquetes DEB por ejemplo. Una aplicación instalada desde lo Repositorios o desde los paquetes DEB puede tardar en estar concluida un minuto. Si compilamos esa misma aplicación y suponiendo que tengamos todas las dependencias cubiertas esa misma instalación se puede multiplicar por 15. Eso sí, si la compilación ha sido correcta tienes asegurado prácticamente el 100% de que funcionará cosa que con los repositorio o paquetes DEB no es tan seguro.

Puede ser que te preguntes ¿Después de toda esta charla y decir lo buenos que son los repositorios a que viene entences el titular del artículo?
Como con todo siempre hay un motivo, y es que aún siendo la inclusión de los repositorios la forma más fácil y segura de instalación y actualización puede que no te interese añadir alguno que otro.
El incluir según que repositorios puede ser más perjudicial que beneficioso y  te puede eliminar más aplicaciones de las que te vaya a añadir.
Esto no es (aun que puedas pensarlo) a mala leche. Simplemente ese repositorio utiliza una paquetería con versiones distintas a las que tu tienes. Por lo tanto tiene que eliminarlas (resolverlas) para añadir las indicadas por el repositorio. En cuyo caso lo más fácil que suceda es que los nuevos paquetes no sean soportados por alguna de las aplicaciones que sí soportaban los anteriores y serán eliminadas también junto a estos.
Por este motivo a veces uno se encuentra que han desaparecido alguna aplicación que tenia instalada. ¡Leches! ¿aquí hay algún virus o que pasa que me desaparecen programas?. Se preguntará alguno.

En el caso de sistemas como LMDE la inclusión de un repositorio "inadecuado" puede hacer que el sistema incluso se quede inestable o perjudicado con respecto a los repositorios oficiales de ese distro. Pongamos por ejemplo y por ser lo más reciente lo que sucede si queremos instalar el programa de copias de seguridad Déjà-Dup vía repositorios en LMDE (esto es extensible a cualquier otro distro como por ejemplo Ubuntu) que muestro en este artículo. Hay sitios en que se indica que instalar esta herramienta añadir el repositorio de debian SID.
si tú eres de los habituados a copiar y pegar y el Yes Yes sin más, tienes todos los boletos para dejar tu LMDE bastante capado como puedes ver en la captura de dicho artículo. Donde verás que para añadir esa herramienta te eliminará (entre otros muchos) incluso el menú de Mint. si eres consciente de esta situación y quieres seguir adelante no hay problema. Tu lo decides. Pero muchos aún no son conscientes de que esto sucede bastante a menudo y si te encuentras entre ellos deberías saberlo y así poder actuar en consecuencia.

Aunque parezca que no, no es nada complicado controlar y ver que es lo que va a suceder cuando añades un nuevo repositorio. Por regla general no tiene por que suceder nada grave. Por suerte Linux es trasparente y siempre te informa de lo que se va a realizar. Y identificar aplicaciones conocidas que se puedan querer desinstalar es relativamente fácil. Sí la instalación  (luego de añadir el repositorio) la haces desde el Terminal, Linux te mostrará que paquetes se van a instalar y cuales se va a eliminar si es el caso. Si lo haces desde el Synaptic, otro tanto de los mismo pero aún mejor ya que verás con más detalle que es lo que te quiere instalar y eliminar. Incluso tener información de  los paquetes en cuestión y sus dependencias.

Linux  espera que no actúes como se hace en Windows (el clásico Yes, Yes, Yes, Yes...compulsivo y automático a todo) y te pares unos segundo a leer la información que te suministra y actúes en consecuencia.
La única forma que hay y que no te indica con detalle lo que se va a realizar es si usas para instalar aplicaciones, los (valga la redundancia) los Gestores de Aplicaciones. Estos no son transparentes y simplemente instalan lo indicado y desinstalan lo necesario sin pedir confirmación para ello.

Ahora bien no te me vayas a interpretar mal y creas que desaconsejo utilizar lo repositorios. ¡Todo lo contrario!
Simplemente lo que consejo es el siguiente: Cuando añadas repositorios tomate tu tiempo y comprueba desde el Synaptic (para mi lo mejor) o lo que prefieras, que es lo que se va a realizar a la hora de instalar la aplicación/es aportadas desde el repositorio. En definitiva de lo que se trata es de poder hacer lo que decidas tú y esto tan sólo se puede llevar a cabo cuando se tiene información suficiente.