LMDE MATE: Aplicaciones Preferidas por defecto

Ampliar y personalizar la lista del Gestor de Aplicaciones Preferidas es relativamente fácil.
El sistema lo hace automáticamente (casi siempre, salvo excepciones de los programas más extendidos y por categorías) cuando la instalación se realiza de la forma habitual.
Pero no siempre utilizamos aplicaciones instalables sino que muchas son portables, ejecutables o de otros tipos que no requieren de instalación. Otras pese haber sido instaladas no aparecen en la lista del Gestor de Aplicaciones Preferidas.
Añadir éstas o cualquier otra en dicha lista (cómo dije anteriormente) es bastante sencillo. Mostraré como hacerlo de forma totalmente gráfica.

Aplicaciones instaladas y que no se encuentra en la lista:
Lo primero es averiguar (en el caso de ser una aplicación previamente instalada) si se encuentra su correspondiente lanzador el la siguiente ruta:

• /usr/share/aplications/

Podemos mirar tambien en su equibalente, pero a nivel de ususario:

• /home/TuUsuario/.local/share/applications/

pero cómo podremos ver, en este último caso hay bastantes menos lanzadores.

Hay que tener en consideración que en la ruta /usr/share/applications/ no siempre estos lanzadores muestran el nombre de la aplicación que ejecutan. Muchas de las veces (las más) muestran una descripción en vez del nombre, así que para localizar el que buscamos tendremos que fijarnos más en esa descripción (o en su icono) que en cualquier otra cosa.
Una vez creamos que lo hemos localizado clicaremos en él para asegurarnos y  ver si se ejecuta la aplicación que esperamos.

Todos estos archivos son archivos de escritorio, y cómo tales tienen un nombre único más la extensión (.desktop genérica) que los identifica. Lo que necesitamos es averiguar exactamente ese nombre y para ello (ya que no se muestran) nada más fácil que abrir un archivo cualquiera de texto y arrastra el lanzador a la ventana de éste para que sea editado.
Una vez hecho esto, veremos el nombre exacto del lanzador Desktop en la barra de título.
Este siempre terminar en .desktop:
xxxxxx.desktop

Curiosamente en la ruta de usuario  /home/TuUsuario/.local/share/applications/ sí podemos verlos con su nombre .desktop al completo y no con su descripción.

Bueno veamos como añadir una aplicación en el Gestor de Programas Preferidos. Pongamos como ejemplo la inclusión en la lista del navegadores a Iron, por el cual no hace mucho me consultaban a este respecto.
Buscamos en /usr/share/applications/ el lanzador Iron

Abrimos el editor Pluma, Gedit o cualquier otro editor que queramos y arrastramos y soltamos en él el lanzador de Iron.

El editor de texto mostrará el contenido fuente del lanzador, pero no su nombre interno .desktop. Éste lo podemos ver en la barra de título del editor de texto cómo se muestra en la imagen.

Tomamos buena nota de este nombre.
Para el caso que nos ocupa y cómo se puede ver en la captura es:

• iron.desktop

Este nombre al completo es el que tendremos que añadir en el archivo que veremos mas adelante.
Ahora nos dirigimos a la siguiente ruta:

• /home/TuUsuario/.local/share/applications/

y buscamos y editamos el archivo llamado:

• mimeapps.list

Este archivo consta de dos partes bien diferenciadas
[Default Applications] ---> aquí se colocarán automáticamente los programas por defecto. Cosa que se hace automáticamente al ser seleccionados en el Gestor.
[Added Associations] ---->aplicaciones que queremos que se muestren en el cuadro de selección del Gestor.

La que nos interesa es la segunda sección [Added Associations] 
En ella debemos buscar y o añadir (si no lo está) la siguiente línea.
x-scheme-handler/http=
Que en este caso quedaría así:
x-scheme-handler/http=iron.desktop;

Si esta línea (x-scheme-handler/http=) ya se encontrara en este archivo, veremos algo muy parecido a esto:
x-scheme-handler/http=chromium.desktop;firefox.desktop;
Tan solo deberemos añadir Iron.desktop a la lista de navegadores que ya se encuentren en ella:
 x-scheme-handler/http=chromium.desktop;firefox.desktop;iron.desktop;

Cómo se puede ver la línea x-scheme-handler/http= es la responsable de mostrar la lista de navegadores por defecto. Mostrará tantos cómo se incluyan en la lista.

Para cubrir todo el espectro en el caso de la apertura del navegadores por defecto, seria interesante tener las siguientes líneas:
x-scheme-handler/http=iron.desktop;
x-scheme-handler/https=iron.desktop;
x-scheme-handler/about=iron.desktop;

Otras líneas interesantes son:
- Gestor de Correo por defecto.
 x-scheme-handler/mailto=
Ejemplo:
x-scheme-handler/mailto=thunderbird.desktop;gary.desktop;sylpheed.desktop;
- Explorador de archivos por defecto
inode/directory=
Ejemplo:
inode/directory=nemo.desktop;caja.desktop;nautilus.desktop;thunar.desktop;

Tres puntos muy importantes. Dos cruciales que de no cumplirse no se mostrará la aplicación deseada en la lista del Gestor de Programas Preferidos y otro de posible interes:

1- La aplicaciones añadidas en sus líneas correspondientes deben mantener la estructura que se ve, no pueden haber espacios entre ellas y tienes que estar separados  con un ; . Los nombres de los lanzadores Desktop si pueden contener espacios, mayúsculas u otros caracteres cómo guión y guión bajo, etc:
xxx.desktop;
xxxxx.desktop;
XX xxx.desktop;
xx-xxX_xx.desktop;

2- El nombre de la aplicación añadida a la lista debe tener su lanzador correspondiente en la ruta /usr/share/applications/ o en su defecto en la de usuario /home/TuUsuario/.local/share/applications/ de lo contrario tampoco será mostrado en la lista.

3- No es obligatorio que una aplicación pertenezca a una catregoría especifica para ser añadida.
Es decir, podemos (si se quiere) añadir a SMPlayer en la lista de aplicaciones de Navegadores Web por defecto. Ya sé ya sé, esto no tiene ningún sentido, pero lo expongo para que se vean las posibilidades que esto tiene y que las restricciones son menos de las que a priori se puedan suponer.

Paraconcluir este aprartado, si resulta que no tienes ninguna de estas líneas en tu archivo mimeapps.list, puede ser que te preguntes porqué entonces aparecen algunas opciones en las distintas categorías del Gestor de Aplicaciones Preferidas. La razón no es otra que este mismo archivo mimeapps.list se encuentra en la siguiente ruta:/usr/share/applications/ y también en esta misma ruta se encuentra otro llamado mimeinfo.cache.
Estos dos archivos por lo tanto afectan del mismo modo pero al nivel global que el que hemos tratado anteriormente a nivel usuario. Estos archivos no entran en conflicto unos con otros, sino que se complementan perfectamente entre si.
En las capturas podemos ver el resultado final:

Antes

Después

Aplicaciones No instaladas y que lógicamente no se encuentra en la lista:

Lo único que diferencia esto de lo anterior (ya que lo pasos a seguir son los mismos) es que con toda seguridad no encontraremos un lanzador en la ruta indicada.
Esto no es ningún problema ya que lo podemos crear de forma muy simple.
Voy a mostrarlo de forma lo más llana posible. Y para que se vea lo fácil del proceso añadiré uno de mis Scripts (PubKey) a por ejemplo a la lista de Lectores de Correo.
Nada que ver con el correo tiene lógicamente este Script jeje, pero esta "burrada" servirá para mostrar que podemos poner las aplicaciones que queramos (pertenezca o no a una categoría específica) para que se vean luego en el Gestor de Programas Preferidos y la podamos seleccionar cómo predeterminada.
Clicamos con el botón derecho del ratón en nuestro escritorio y seleccionamos Crear un Lanzador...

Y rellenamos los campos necesarios:

Tipo: Aplicación
Nombre: El que queramos
Comando: Le indicamos la ruta del archivo ejecutable.
Icono: El que queramos

Luego nada más nos queda lógicamente introducir este lanzador en la ruta:/usr/share/applications/ o /home/TuUsuario/.local/share/applications/

Por último nada más nos resta abrir el archivo /home/TuUsuario/.local/share/applications/mimeapps.list y añadir el nombre del PubKey que será PubKey.desktop en la categoría deseada:

• x-scheme-handler/mailto=PubKey.desktop;

Antes

Después

Para finalizar, otra cosa que se debe tener en cuenta es que algunas aplicaciones no abren por ejemplo con el navegador predeterminado sino que lo hacen con otro que esté instalado. Para ello el sistema utiliza las llamadas aplicaciones alternativas.
Cuando se instala una aplicación esta se le asigna en su categoría una número llamado prioridad.  Si esta prioridad es mayor que las restantes pasa a convertirse en Modo Automático.

Cómo se puede ver en la captura Chrome tiene una prioridad de 200. Al ser la prioridad mayor queda coma automática. Para evitar que quede en modo automático le bajo la prioridad a 40 y firefox pasa entonces a ser automático. Aunque en cualquier caso (cómo también se puede apreciar en la imagen) esté uno u otro como automático el que está seleccionado cómo por defecto es firefox que es donde está situado el asterisco (*) junto al número 1.
Para que se entienda. Si no tenemos bien configurado este punto, aunque se tenga puesto por ejemplo a Firefox cómo navegador por defecto en el Gestor de Aplicaciones Preferidas, ciertas aplicaciones llamarán a Chrome si se encuentra instalado. Para evitar este comportamiento es necesario ver este otro artículo de aquí:
Navegador por defecto
... para configurar las aplicaciones alternativas.